Ekosustavi hrvatskih otoka, endemske vrste biljaka i životinja koje su u njima našle svoja staništa te geomorfološke pojave, izuzetno su vrijedni. Stoga je popis službeno zaštićene prirodne baštine s obzirom na relativnu skučenost otočnog prostora, izuzetno dug. Od sedam hrvatskih nacionalnih parkova, tri su na otocima i u okolnom moru (Brijuni, Mljet i Kornati), a na Dugom otoku je park prirode Telašćica. Uz to, na otocima je jedan botanički rezervat, 6 ornitoloških rezervata, 3 rezervata šumske vegetacije, 7 park-šuma, 10 zaštićenih krajolika, 2 geološka i 7 geomorfoloških spomenika prirode, 3 spomenika parkovne arhitekture i niz rijetkih primjeraka drveća.

Izuzetno je vrijedna i kulturna baština. Izmjerimo li je kako je uobičajeno, materijalnim spomenicima., popis je i ovdje izuzetno dug. Nema poznatog razdoblja iz prošlosti, a da mu tragovi nisu potvrđeni i na otocima (paleolitički, neolitički, helenistički, rimski, ilirski i hrvatski ostaci) tako da nepokretnih spomenika, dovoljno vrijednih da budu službeno zaštićeni kao dio hrvatske baštine, ima 667. Oni pokretni nisu još posebno pobrojani.

Podmorje, krajolici, strmci, endemske biljne i životinjske vrste i sve ostalo što se može svrstati u prirodnu baštinu otoka, prepleteno je, a često i stopljeno s tisućama kilometara gromača i tisućama hektara terasa, sa selima i starim gradovima, crkvama i zabačenim samostanima, utvrdama i svjetionicima i svim ostalim što se, spadalo u ovih 667 objekata ili ne, može svrstati u kulturnu baštinu.

Oba, međusobno uvjetovana dijela otočne baštine, jedva se mogu štititi odvojeno. Urasla u otočni okoliš, graditeljska baština se ne može ni dobro uočiti, a kamoli dobro vrednovati ako se promatra odvojeno od prirodne. S druge strane, mnoga endemska biljna i životinjska vrsta razvila se baš oko suhozida i lokava te u nekad čistim akvatorijima otočnih luka. Autohtona, uglavnom ruralna graditeljska baština nastajala je u teškoj svakodnevici.

Otočani su dobro poznavali svoj ne suviše izdašni ekosustav i svoje vjetrove i vale, što je u krajnjoj liniji odredilo kako će izgledati terase, poljski putevi, kako će se i od čega graditi i gdje će se podizati naselja i luke. Upečatljiv spomenik teškog života i golemog truda su bunje, mocire, gromače, suhozidi nastali krčenjem teško obradivih površina i vještim slaganjem. Svojim oblicima, površinom, izgledom i namjenom, jedan su od najreprezentativnijih primjera pučkog autohtonog graditeljstava, gotovo na svakom otoku različit.

Hrvatski otoci zorno pokazuju da kulturnu baštinu uz građevine čine jezik, običaji, vještine, predaja, nošnje i slično, ali i stoljećima građen mentalitet i svjetonazor. Od arheoloških nalaza, sakralnih i profanih građevina, preko glagoljice, pisane riječi i jezične baštine do zanata, obrta i vještina svih vrsta.

Otočane određuju dvije naizgled proturječne posebitosti: s jedne strane visok stupanj autonomije i autarkičnosti, dakle upućenosti na sebe i na vlastiti mikrokozmos i s druge, zavidan stupanj otvorenosti prema civilizacijskim dostignućima, izgrađen prije svega na blagotovornu utjecaju mora i plovidbe. Analiza nastanjivanja u prošlosti i iseljavanja danas, taloženje kulturnih slojeva, smještaj otočnih naselja, razmještaj djelatnosti u otočnom prostoru i akvatoriju, jezični utjecaji i miješanja, nedvosmisleno potvrđuju te dvije komponente kao bitne odrednice otočnog identiteta.

Otočani su, nadalje, multikulturalne osobe. To prije svega vrijedi za ruralno stanovištvo s malih otoka bez gradskih središta, gdje je u jednoj osobi redovno sjedinjen veliki broj vještina: svi su i ratari i ribari i stočari, pomorci i turistički radnici.... Jasno je da je tako složen profil otočanina posljedica upravo takvog prostora kakav jest hrvatski otok i gospodarskih aktivnosti kakve su se mogle u takvom prostoru obavljati.

Posljednjih desetljeća i prirodna i kulturna baština se više gazi, razgrađuje i zaboravlja nego čuva i sklad prirodnog i graditeljskog je ozbiljno poremećen. Prirodna baština se krči radi nove, uglavnom stambene gradnje, infrastrukturni koridori narušavaju krajolike, a neuređena odlagališta otpada i prekratki kanalizacijski ispusti onečišćuju, a sve češće i zagađuju otočni okoliš i ugrožavaju prirodnu baštinu. Suvremenom gradnjom stvara se tako od prirode odvojena graditeljska baština, a novi potrošački obrasci i novi životni stilovi prekinuli su stoljetni kontinuitet kulturnog razvitka. Zaštićene građevine nerijetko služe kao građevni materijal, običaji se zaboravljaju, stari alati raspadaju, a nošnje trunu. U pogledu očuvanja najlošije je prošla kulturna baština podmorja, gdje je zbog nedovoljne brige i slaba nadzora došlo do velikih devastacija. Izvršeno je samo nekoliko cjelovitih akcija spašavanja, obrade i prezentacije: Ždrijac kod Nina, Gnalić kod Biograda.

Mnogi prostori koji su u ne tako davnoj prošlosti bili namijenjeni kulturi i školstvu, prenamijenjeni su u posljednjih pola stoljeća u druge svrhe. Takozvani domovi kulture, pogotovu po malim naseljima malih otoka, pretvoreni su u prodavaonice, ambulante, ispostave različitih namjena, itd. Propadanju se rijetko opire organizirano i s dovoljno novca, pa mnogo toga, često i sve, ovisi o pojedincima entuzijastima. Goleme razlike koje postoje u stupnju kulturne organiziranosti od otoka do otoka, ponajviše su nastale zahvaljujući iznimnim pojedincima.

Napuštena sela, zapuštene gromače i terase, običaji i govor koji umiru s posljednjim stanovnicima, prijete potpunim raskidom sklada prirode i čovjeka na hrvatskim otocima.